В архиве музея сохранилось письмо Софьи Андреевны Толстой-Есениной (директор яснополянского музея с 1941 по 1953 годы), написанное в Совет народных комиссаров летом 1941 года. В нем сказано: «Приближение фронта к Тульской области и почти ежедневные бомбардировки Тулы и окружающих местностей близ Ясной Поляны ставят в угрожающее положение материалы мирового культурного значения. Личные вещи Л.Н. Толстого, портреты работы Репина, Крамского, Серова и других великих русских художников и библиотека Толстого, содержащая его пометки, – составляет груз в 120 ящиков. Для вывозки этих вещей необходим один вагон…». Сознавая большую историческую и культурную ценность яснополянских экспонатов, тульские власти решают музей эвакуировать.

К вечеру 9 октября 1941 года в два вагона было погружено 14 ящиков с вещами Дома Толстого, 87 ящиков с книгами личной библиотеки писателя. Включая дополнительные ящики с разными материалами и документацией, на восток отправилось 110 ящиков.

Однако часть экспозиции – крупные и громоздкие вещи, мебель, некоторые документы и фотографии остались в Ясной Поляне.

3 ноября оккупанты потребовали освободить от вещей пять комнат Дома Толстого: кабинет, спальню, гостиную, библиотечную и секретарскую. Вещи были помещены в зал, который был опечатан.

14 ноября хранитель музея записал в дневнике:

«Все шкафы взломаны, несмотря на то, что нам все время твердили, что ни один немецкий солдат ничего не возьмет...».

«Внизу увидали, что топят печи столом из буфетной, нет и вешалки одной в передней… – записала Мария Щеголева. – Обращаемся к солдатам, чтобы не жгли мебель. – говорят, что начальство разрешило. Подобрали кое-что… и втиснули в залу, куда как будто еще не залезли немцы». В зал были перенесены и остатки экспозиции Литературного музея.

После освобождения музея комиссия Академии наук СССР составила акт («Акт Комиссии Академии Наук СССР о немецко-фашистских злодеяниях в Ясной Поляне от 27 декабря 1941 года») о состоянии Ясной Поляны:

«Заняв комнаты бытового музея и комнату старшего сына Толстого – Сергея Львовича Толстого, фашисты путем отмычек взломали замки от запертых столов и шкафов; тут же было похищено из шкафа седло Л.Н. Толстого, которым он пользовался при верховой езде до самого своего ухода из Ясной Поляны, и одежда крестьян района Ясной Поляны разных эпох, имеющая этнографическое значение».

За период оккупации из почти 40 тысяч мемориальных предметов (большая часть находилась в эвакуации) было утрачено лишь 99. Во многом это заслуга сотрудников – главного хранителя музея Сергея Ивановича Щеголева, его сестры Марии, работавшей в Ясной Поляне экскурсоводом, – которые каждый день приходили в оккупированный музей и буквально отвоевывали вещи у разорителей.

На третий день оккупации, 31 октября на двери Дома Толстого была вывешена надпись «Betreten verboten» («Вход воспрещен»). 1 ноября через дом Толстого прошел Гудериан: «генерал был очень нетерпелив и не задерживался ни в одной из комнат», – отметила Мария Щеголева. На другой день Дом Толстого посетило около 50 человек немецкого командного состава.

«Если бы год тому назад, в день торжественной 30-летней годовщины представить себе в воображении, во что превратится вся усадьба… то каким кошмарным бредом показалось был все это. А это теперь самая реальная действительность: …дом Толстого – казарма с ружьями, пулеметами, в одной комнате – парикмахерская, солдаты бреются, стригутся, чистятся. В другой комнате сапожная мастерская, кругом мусор, отбросы…», – записал в дневнике Сергей Щеголев 20 ноября 1941 года.

«Знаменитую комнату со сводами, где писалась «Война и мир», немецкие офицеры превратили в курилку», – 16 декабря 1941 года писала газета «Красная звезда», чей корреспондент побывал в Ясной Поляне после ее освобождения.

Вместе с тем конюшня, устроенная немцами, на территории усадьбы и правда была. Располагалась она в нескольких десятках метров от Дома Толстого – в павильоне – голубом здании, где когда-то гостили художники Илья Репин и Николай Ге.

20 ноября 1941 года, в День памяти писателя, небольшая группа сотрудников музея и жителей Ясной Поляны тайком пришла к могиле Льва Толстого. Их глазам предстал лес березовых крестов, окружавших место, где похоронен Толстой.

Хоронить своих умерших возле могилы писателя немцы начали практически сразу, как заняли усадьбу – 31 октября. Более того, рядом с могилой Толстого была оставлена «груда непохороненных фашистских трупов».

По воспоминаниям Сергея Ивановича Щеголева, «крестьяне, под угрозой штыков немецких солдат, разрывают землю буквально рядом с могилой писателя».

Спустя почти месяц после освобождения имения, 8 и 9 января 1942 года тела были вырыты и вывезены с территории музея. Всего было насчитано 83 тела, которые захоронили за рекой Воронкой в двух ямах от взрывов фугасных бомб. Впоследствии тела были перезахоронены в Туле.

20 мая 1942 года территория у могилы Толстого была приведена в порядок: был очищен лес, обложена дерном могила, заровнены провалы, оставшиеся от немецких захоронений.

Миф о том, что могила Толстого была заминирована, родился из заявления немецкого информбюро, сделанного в январе 1942 года, в котором немцы пытались опровергнуть ноту Советского правительства о грабеже и разбое оккупантов в Ясной Поляне. Среди прочих утверждений Германия заявила, что «Советы сами минировали парк имения и могилу Толстого».

После освобождения Ясной Поляны комиссия Академии наук СССР установила:
«...После того как немецкие части очистили усадьбу, вдруг приехали на легковой машине три немецких штабных офицера. Вламываются в дом, у каждого в руках по бачку с горючим, бегут наверх, в трех комнатах – библиотечной, спальне Льва Николаевича и спальне его жены С.А. Толстой – из сена, соломы и деревянных предметов обстановки образуют три костра, обливают все горючим».

Мария Щеголева вспоминала, как немцы кричали: «Hinaus, hinaus, kein Museum, alles in die Luft». – («Вон, вон, нет музея. Все в воздух»). Сталкивая их с лестницы вниз – «Мина, in die Luft» («в воздух»).

На дверь они прибили доску с надписью на русском языке «Осторожно, дом заминирован».

Дом спасала молодежь: Павлик Комаровский, местный врач по фамилии Илюхин, десятиклассница Клавдия Литвинова.

«Есть ли в доме мины, никто не знал, – позднее описывал Павел Комаровский. – Спохватились у двери, ведущей в комнаты второго этажа. Привязали длинную веревку к дверной ручке, опять спустились, пригнулись. Потянули дверь на себя. Взрыва не последовало. Этим и ограничились».

«Мы, молодежь, пробились на второй этаж, а дым все валит, и не поймешь, откуда где горит. Трудно дышать и видеть. Павлик действует огнетушителем. А с улицы подают воду, льем на стену и льем», – вспоминала Клавдия Литвинова.

Сначала Дом тушили снегом, затем кто-то догадался заглянуть в старый заколоченном колодец, в котором оказалась вода. Пожар тушили четыре часа.

Осмотрев дом в январе 1942 года, Щеголев записал: «Я увидел густо закопченные стены. Зловещее отверстие в обгорелом потолке, отбитую штукатурку. Кое-где обнажилась кладка. Бурые разводы – след воды – змеились по карнизу. Обугленные доски лежали навалом. <…> Костер разложили как раз на том месте, где стояла постель Льва Николаевича».

«Все в доме было закопчено от пожара, загрязнено немецкими солдатами. Вместо благоустроенной усадьбы – загрязненная, выбитая разрывами фугасных бомб, заезженная сотнями машин территория…», – сказано в акте комиссии Академии наук.

Литературный музей и Дом Волконского пострадали намного меньше. Флигель необходимо было заново окрасить и оштукатурить. Дом Волконского пришлось реставрировать немного основательнее – уже после ухода немцев возле него разорвалась бомба, в частности были полностью выбиты стекла.

Но здания остались целы.

6 апреля 1942 года на станцию Ясная Поляна прибыл вагон со строительными материалами. 8 апреля начались ремонтно-восстановительные работы в Доме Толстого.